在第三季中，汉娜结束了在英国的逃亡生活，根据线索找到了隐居在北极圈附近的生物学博士——她的生母伊莲。伊莲解释了当年的真相：她并非被强迫制造超级士兵，而是主动参与“Utrax”计划，为了让女儿成为完美人类。汉娜震惊不已，此时CIA特工玛丽塔也追踪至此，她不再是汉娜的敌人，而是想利用汉娜对抗内部的腐败势力。三方势力在极昼的冰原上展开对峙。汉娜发现母亲正在研发一种能控制人类情绪的病毒，想要以此来“净化”世界。汉娜最终选择了站在人类这一边，她破坏实验室，并与母亲在冰窟中进行了残酷的肉搏。玛丽塔为了掩护汉娜牺牲。汉娜在最后一刻引爆了基地，带着母亲留下的疫苗样本逃出。她最终隐居在闹市中，决定做一个普通人，但背景音里依然响起了特工的无线电通话声，暗示她永远无法逃脱。
作为最终季，本季将伦理困境推向了极致。不再是单纯的打打杀杀，而是探讨“出身”与“选择”的冲突。极地的冷峻美学与汉娜内心的冰冷挣扎相得益彰。结局虽然略显伤感，但给了这个超级少女一个还算圆满的退场。
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